（一）农业生态环境得到保护，零面源污染
没有健康的生态环境就无从谈生态农业。
生态农业强调元素循环，仅将被城市消费者带走的营养通过化肥、绿肥或生物菌肥的方式弥补，因此可以减少化肥的用量。
生态农业对害虫防控以预防为主，不是待害虫爆发后靠化学物质灭杀，强调生态平衡。在生态农业模式下，农药就相当于灭火器，仅出现火灾时才派上用场。
生态农业可根据作物生长习性，在不使用农膜前提下，保证产量与质量双盈，从源头杜绝二噁英等致癌物质向环境释放。
而且生态农业还可以消除转基因技术的负面影响，不采取与自然对抗的办法而提高农业生态系统生产力，保护生态平衡，杜绝基因污染，保护消费者健康。
（二）单位土地经济效益高
目前由于采取粗放式的化学办法种地，虽然产量相对高，但价格便宜，有时市场不好还会烂在地里，资源浪费严重。
提高经济效益的办理有两种，要么继续扩大土地规模，但质量不提高价格不变，使经营者有利可图；要么提高产品质量，价位提高，加上生态农业不减产，一亩效益等于几亩，这样的话，对于消费者和生产者都是好事。后者让老百姓购买到放心食品，保护了自身与家人的健康，增加了农民的收入，也就更愿意向土地中投入优质劳动。
（三）种养结合，种植多样化，间作套种，立体种植
这是生态农业的最大优点。
生态农业的大量肥料来自系统本身，六畜兴旺才能五谷丰登。在少量的土地面积上，可以提供大量的食物种类，生态农业的食物多样性是其他农业方式做不能比拟的。
物种的多样性越丰富，系统就越稳定，抗风险能力就越高。
（四）生态农业产量高
生态农业产量并不低，由于用地养地，被带走的养分通过有机肥或少量化肥补充，更关键的是，由于化学物质少，土壤动物和土壤微生物丰富，这些生物就间接将土壤中的矿物质释放出来，供植物根系吸收。
这样模式下，如果坚持长期样地，产量是会稳步增加的。
（五）生态农业及其下游产业带动更多的就业
由于优质优价，加上生态环境优美，对城市人群有很强的吸引力。
农业要素容易变成商业要素，从养殖到种植，从收获到加工，从加工到销售，从餐饮到观光旅游，从保健到养生到养老，乡村可以就地城镇化，吸引农二代、大学生二代，乃至城市精英就业。
这样的话，遍布全国的400万个乡村如发展生态农业，可能成为新的经济增长点。这对满足13亿人食品的持续安全供应，促进城乡和谐发展是至关重要的。